实验动物房要设置在远离厂区散发大量粉尘、烟气和腐蚀性气体及噪声的僻静区域，若不能避免，应位于夏季小频率风向的下风侧或位于严重空气污染源的上风侧，并与生活区保持大于50m的距离；动物实验区的设施应与饲养繁育区分开设置，不同品种、品系的实验动物以及不同来源的动物不应在同一间饲养，应该分设不同的饲养间；实验室应设置观察小室；应考虑预留一定数量的备用房间，以便假期轮流对房间进行消毒清理；动物繁育、生产和实验室通风空调系统应保持正压操作，合理组织气流，实验动物房应具备应急电源。

实验动物房的区域可划分为：动物实验区，包括缓冲间、实验饲育间、清洁物品储藏室、污物走  廊、清洁走廊；辅助区，包括仓库、洗刷间、废弃物品存放处理间、机械设备室、淋浴间、工作人员休息室、密闭式实验动物体冷藏存放间；前区包括办公室、维护室、库房、饲料室、一般走廊；繁育生产区，包括隔离检疫室、污物走廊、清洁走廊。为了防止昆虫进入，出入口要设置昆虫屏障，与外界直接联系的门窗要设置窗纱；为防止动物外逃，至少在所有外部出入口处要设置屏障，对此类动物，高度不低于40cm；实验动物房不宜太高，饲育间和实验室高一般为2.4-2.6m，技术夹层高为2.2-2.4m，实验动物房层高为4.8m左右；走廊宽度不应小于1.5m，门宽不应小于1.0m，动物房最好设三个人出入口，人员进出、清洁物进入、污物排出三个门，并且三个门之间保持一定距离，最好在三个不同的方向。

屏障环境强调人流、物流、动物流分开，并循单向路线流动，清污分流，做到净化、灭菌、防虫，人员进入动物房要洗澡、更衣后进入清洁走廊，由清洁走廊再进入饲育室或实验室，然后循污物走廊出去；清洁物经脱外包装后进入洗刷间清洗，通过双扉高压消毒柜消毒，而不能高压消毒的物品必须经传递舱或渡槽进入，清洁物品首先储藏于清洁物品储藏间，再循清洁走廊到达每一个饲育室或实验室。